東京湾，伊勢湾，瀬戸内海については，昭和53 年度の水質汚濁防止法等の改正により，COD，窒素およびりん（第5 次より）を対象に水質総量規制制度が導入され，これまで5 次にわたって実施されてきた．その結果，東京湾等の水質の改善や瀬戸内海での赤潮発生の抑制など，一定の効果が見られた．今後の総量規制については，平成17 年5 月の中央環境審議会答申「第6 次水質総量規制の在り方について」を踏まえ，平成21 年度を目標年度に，東京湾，伊勢湾および大阪湾では，さらに水環境改善のため負荷削減を図り，大阪湾以外の瀬戸内海については，海域の水質が悪化しないよう現在の施策を維持することを基本に，継続して実施することとなった．また，各海域とも，干潟の保全・再生を進めることとされた． 更に，海域の目標とすべき水質等の検討，水質汚濁メカニズムの解明とより効果的な対策の在り方の検討等を含め，豊かな沿岸環境の保全・回復のための，中長期的な視野に立った取組みが課題となっている．
