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海洋や湖沼の水中には1 mLあたり104–107細胞もの浮遊細菌(Bacterioplankton)が存在し、微生物食物網およびそれを介した物質循環における中心的役割を担っている。国内では琵琶湖や支笏湖、海外ではバイカル湖や五大湖に代表される、貧–中栄養の全循環の大水深淡水湖において、深水層(水温躍層以下の水層)は湖体積の大部分を占める有酸素・低水温・無光の水塊であり、深海と同様、比較的難分解の有機物の蓄積と分解、硝化・メタン酸化等の重要な物質循環プロセスの場であると考えられている。しかしながら、その中核を担う有酸素深水層の細菌の多様性や生態に焦点を当てた研究はほとんど無く、その実態は未解明である。本発表では、その全貌を明らかにするべく演者がこれまで取り組んできた研究を紹介する。