保健所は2022年 4 月時点で全国に468か所設置されており，「地域保健法（1994年）」に基づき，健康危機管理の拠点となる役割をもち，災害時や感染症対応には主体的に関わることになっている．新型コロナウイス感染症対応が始まってから，自治体はこの 2 年半，第 1 波から第 7 波の現在に至るまで，流行状況およびウイルス変異及び重症度等に応じて，「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」に基づき様々な感染症対応に模索を繰り返してきた．基本的には全国的に共通する感染症対応業務（相談，検査，発生届受理，入院調整，患者の移送，健康観察，積極的疫学調査，入院勧告や就業制限通知等）を行うが，都道府県単位で，感染症の発生状況や医療資源の違いもあり，具体的な業務内容や方法は全国一律ではなく，現実的には地域の実情により，それぞれの自治体で工夫されてきた．
流行状況を振り返ると，第 1 波，第 2 波，第 3 波は全国的に行動制限を要請され，PCR検査の需要と医療体制の供給がミスマッチであった．新型コロナウイルスは変異以前の特徴として呼吸器機能を低下させる病原性を持ち，有効な薬剤やワクチンがまだ普及せず，診療可能な医療機関も不足していた．第 4 はα株で高齢者の施設内感染で医療提供が困難となり，第 5 波は東京オリンピックの後でδ株の変異ウイルスが主となり，首都圏での流行が目立った．第 6 波および第 7 波はο株が中心で感染性が高く，病原性は低いが感染者数の急増かつ膨大なため，保健所の能力を大きく上回る対応が求められた．全国的にどこの自治体でも保健所の負担軽減策について外部委託も含めて対応するようになった． 2 年半の間に厚生労働省からの通知も多く，全国保健所長会は要望や提言などの意見活動も行った．
日本は自然災害の多い国であるが故に，健康危機管理として災害や感染症においては，保健所が平時から備えとしての仕組みづくりや危機発生時の対応，被害からの回復という過程において，主体となることが期待されている．新型コロナウイルス感染症対策で得た教訓を生かしパンデミックとなりうる感染症対策を地域単位で行っていくため，住民の命と健康を維持する「保健所」を，医療機関や福祉施設等と有機的に連携し，持続可能な社会の枠組みとして活かしていくことを提言する．
