国土交通省九州地方整備局では，調査観測兼清掃船「海輝」「海煌」を用いて，有明海・八代海の海域環境特性の把握を目的として，水塊構造調査並びに底質・底生生物調査を実施している．2004－2013年度の10ヶ年分の調査結果を整理した結果，八代海では球磨川河口前面海域よりも湾奥の海域の方が表層－下層間の密度差が大きいことが確認された．また，八代海において，底質と底生生物群集のクラスター解析により，それぞれ４つのグループに分類されるが，さらに，これらの組み合わせにより９つのグループに細分類され，複雑な環境特性を持つ海域であることが明らかになった．
