日本乳酸菌学会誌
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総説
次世代シーケンサーデータの解析手法 第2 回GUI 環境からコマンドライン環境へ
孫 建強湯 敏西岡 輔清水 謙多郎門田 幸二
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2014 年 25 巻 3 号 p. 166-174

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抄録

実験系研究者が普段利用するWindows やMacintosh のPC 環境はGUI 環境と呼ばれ、マウス操作などで直観的な利用が可能である。一方、バイオインフォマティクス系研究者が普段利用するデータ解析環境は、コマンドライン環境である。次世代シーケンサー(以下、NGS)データ解析用プログラムの多くはLinux 上で動作し、コマンドライン環境での利用を想定している。それゆえ、コマンドライン環境に慣れ、基本的なコマンドを使いこなせるようになることがNGS データを自在に解析するための前提条件といえる。連載第2 回では、Windows およびMacintosh 付属のコマンドライン環境(コマンドプロンプトおよびターミナル)での基本的な操作をGUI 環境と対比させながら示し、最低限必要だと思われるコマンドや概念を解説する。前回同様、ウェブサイト(R で)塩基配列解析(URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html)中に本連載で述べるリンク先を掲載してあるので効率的に活用してほしい。

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© 2014 日本乳酸菌学会
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