抄録
次世代シーケンサー（以下、NGS）データの解析は、大まかに①データ取得、②クオリティコントロール（以下、QC）、③アセンブルやマッピング、④数値解析の4 つのステップに分けられる。連載第4 回は、Bio-Linux にプレインストールされているFastQC（ver. 0.10.1）プログラムを用いたQC の実行および解釈の基本を述べる。また、FASTX-toolkit（ver. 0.0.14）で提供されているアダプター配列除去プログラムであるfastx_clipper の挙動を例に、Linux コマンドを駆使した動作確認の重要性を述べる。多様なインストール手段に対応すべく、apt-get, pip, cpan コマンドを利用したプログラムのインストール（FastQC ver.0.11.3、nkf ver. 2.1.3、cutadapt ver. 1.8.1、HTSeq ver. 0.6.1、FaQCs ver. 1.34）やパスなどの各種設定についても述べる。ウェブサイト（R で）塩基配列解析（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_ seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_ book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどのリンク先を効率的に活用してほしい。
