次世代シーケンサーデータの解析手法 第 14 回 RNA-seq 解析（その2）

抄録

Lactobacillus rhamnosus GG の酸ストレス応答を調べた RNA-seq データ（SRP125628 or GSE107337）を Galaxy 上で解析する一連の手順を解説する。具体的には、公共データベース ENA からの Galaxy への FASTQ ファイルのインポート、Trimmomatic を用いた前処理、Bowtie2 を用いたゲノム配列へのマッピング、そして htseq-count を用いたカウントデータ取得まで述べる。ウェブサイト（R で）塩基配列解析のサブ（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_ seq2.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq2.html#about_book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどを効率的に活用してほしい。