次世代シーケンサーデータの解析手法 第 19 回 R Markdown

抄録

マークダウン（Markdown）は、HTML を手軽に生成するために開発された軽量マークアップ言語である。R Markdown は、R のコマンドと Markdown を組み合わせたものであり、近年主流となっている R の実行手段である。

多くのユーザにとっては見慣れないファイルの拡張子（.Rmd）かもしれないが、アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの中でも利用されている。本稿ではまず、R Markdown の基本的な利用法として、チャンクの概念や HTML の生成などを述べる。次に、前回作成した R スクリプトファイルの内容を R Markdown 化し、相違点について述べる。最後に、個々の R コマンドや実行結果として得られるオブジェクトについて解説する。ウェブサイト（R で）塩基配列解析のサブ（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/kadota/r_seq2.html）中のウェブ資料（以下、W）を併用してほしい。