O-型糖鎖修飾部位の予測における立体構造や生化学的情報の有効性

坂本 浩隆; 中島 有紀子; 能野 育恵; 榊原 一紀; 伊藤 將弘; 西川 郁子

doi:10.11509/sci.SCI08.0.56.0

第52回システム制御情報学会研究発表講演会

セッションID: 3F2-3

DOI https://doi.org/10.11509/sci.SCI08.0.56.0

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主催: システム制御情報学会

O-型糖鎖修飾部位の予測における立体構造や生化学的情報の有効性

*坂本浩隆, 中島有紀子, 能野育恵, 榊原一紀, 伊藤將弘, 西川郁子

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キーワード: O-型糖鎖修飾, SVM, 二次構造, アミノ酸配列, 疎水性, UniProt, PSIPRED, 予測, タンパク質

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抄録

タンパク質のO-型糖鎖修飾は，生命現象に重要な役割を果たしているが，現在コンセンサス配列は知られていない．本研究では，SVMへの入力情報として，アミノ酸の配列情報のみでなく，二次構造，アミノ酸のアクセシビリティや疎水性を用いて予測を行い，その性能を比較することで，それらの性質がO-型糖鎖修飾に与える影響を検討した．二次構造はPSIPREDによる推定値を用い，アクセシビリティはPDBの立体構造から取得した．結果として，二次構造を用いた場合に予測性能の改善が見られた．

責任著者(Corresponding author)

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