三重県松阪市と東京都および大阪府とのPCRおよびNGSを用いたCOVID-19感染状況の比較

抄録

【目的】新型コロナウイルス感染症（COVID-19）は，2019年末以降2023年5月8日まで2類感染症として世界に脅威を与え続けた。当院ではリアルタイムPCRとNGS装置を導入し，第二種感染症指定医療機関としてSARS-CoV-2の検査を積極的に行っている。今回約2年間のSARS-CoV-2検査結果を集計し，松阪市の感染状況をまとめたので報告する。【方法】2021年1月から2023年4月までに当院においてリアルタイムPCR検査が陽性となった9,007検体の結果について，陽性者数や各流行波のピークまでの立ち上がり，主な変異株の発生時期を東京都や大阪府と比較した。またそのうちの64検体についてNGSを用いた全ゲノム解析も行った。【結果】それぞれの陽性数のグラフを比較すると，当院のデータは松阪市の陽性数を反映していると考えられた。また三重県とは同様のグラフ曲線を示していたが，東京都や大阪府と比較すると各波の感染ピークまでは時間がかかっていることがわかった。変異株の発生も東京都や大阪府の方が早期に発見されていた。また全ゲノム解析においては，松阪市独自で変異したと考えられる変異株は存在しなかった。【結論】都市部の感染状況を把握することで感染対策を行う時間が確保できるものと考えられた。リアルタイムPCRとNGSを兼ね備えている当院検査室は，今後も松阪市の感染対策への貢献が期待される。