次世代シーケンサーデータの解析手法第23回メタゲノム解析（その2）

抄録

アンプリコン解析は、全てのバクテリアゲノム中に存在する16SリボソームRNA（16S rRNA）遺伝子の一部の領域をPCR増幅し、増幅された部分配列（アンプリコン）をシーケンスすることによって、解析サンプル中にどのような菌種がどれだけ存在するかという系統組成を調べるものである。本稿ではまず、PCRに用いるプライマーと情報解析の流れについて述べる。次に、解析データとプログラム（dada2パッケージ）のインストールについて述べる。最後に、入出力ファイルの取扱い時に利用するRの文字列操作について解説する。