黒毛和種の遺伝的改良において、近年脂肪酸組成が食味性への影響から脚光を浴びている。本研究は脂肪酸組成に差のある集団間で発現量の異なる遺伝子を同定し、育種選抜を推進するために必要な DNAマーカーの候補とすることを目的とした。この目的のため、日本各地から集められた黒毛和種集団を筋肉内一価不飽和脂肪酸 (MUFA)含有率が高いグループと低いグループに分け、マイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析を行った。その結果、 SPP1 (secreted phosphoprotein-1)、LEP (leptin)、MMP14 (matrix metallopeptidase 14)、IGF1 (insulin-like growth factor-1)、 FGF1 (fibroblast growth factor-1)、FGF2など脂肪酸代謝に関与すると考えられる遺伝子の発現量にグループ間で違いが認められ、これらの遺伝子が MUFAを対象とした選抜を行う際の候補遺伝子となりうることが示唆された。これらの遺伝子の発現量を変化させる原因多型を同定することにより、 MUFA含有率の向上を目指すマーカーアシスト選抜を行う上で有力な DNAマーカーの開発につながることが期待される。

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現在、数万～数十万という膨大な数の SNPマーカーの情報を用いてポリジーンの動きを捕らえようとしている。大量マーカーの利用は全 SNPを用いてゲノミック育種価を推定する方法と、有用な SNPの探索に重点を置く手法がある。家畜のゲノミック選抜には前者が用いられ、後者は GWAS（genome-wide association study）と呼ばれ医学分野を中心によく用いられる。しかしゲノミック選抜では GWASで探索した有用な SNPを独立した効果として用いることもできる。また全 SNPを使って個体間の遺伝的な関係を構築し、ゲノミック育種価を推定する方法もある。この方法ではこれまで血統をもとに作成していた個体間の遺伝的関係を対立遺伝子の共有状態（ IBS）をもとに構築し、全個体の遺伝的関係をゲノミック行列として利用する。また有意な SNP領域を新たな領域ゲノミック行列として加え、領域における育種価を推定する方法も提案されている。
本稿ではこれまでの育種研究の流れを述べ、最新の領域ゲノミック行列を用いた手法とその手法を適用したヒトと乳牛のデータでの解析結果を紹介する。

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