ケモインフォマティクス討論会予稿集

特別講演

データマイニング‐その発展と今後の展望‐

鷲尾隆

p. JS
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JS.0

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はじめにデータマイニングの産業界適用の現状について概観し、更に既存データマイニング技術や先端的技術の医療及び化学分野への適用例について概説する。これらから分野専門家とデータマイニング技術者の協力の重要性が明らかとなる。最後にデータマイニングの今後を展望する。

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siRNAやmiRNAに基づく創薬

多比良和誠

p. KS
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.KS.0

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要旨

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キーノートレクチャー

実践を目指した情報化学研究

佐藤寛子

p. JL1
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JL1.0

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近年，実験化学研究においてもコンピュータが用いられる機会は確実に増加している．しかし化学は実践的な学問であり，新しい手法や理論は「実践に適うかどうか」という厳密な基準によって評価され選別される．この観点からみれば，コンピュータ化学は未だに化学研究のための重要なツールとは成り得ていない．本稿では，実践的な化学への適用を目指した情報化学研究と将来展望について，我々の取り組みの例を中心に紹介したい．

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生体分子シミュレーション‐古典から量子へ

古明地勇人

p. JL2
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JL2.0

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生体高分子化合物の、分子計算やシミュレーションの方法論について、最近の研究を概観した。古典力学に基づく計算やシミュレーションは、方法論的に大きく進歩し、その結果、生体分子の解析に広く用いられるようになった。一方、量子力学に基づく計算は、まだ開発途上にあるが、近年の発展は著しい。特に、フラグメント分子軌道法は、精度、速度、並列化効率が高い方法であるため、生体分子の量子的な計算を、大きく発展させることが期待できる。

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一般講演

PoLyInfoの高分子辞書拡張

飯室茂, 山崎政義, 桑島功, 八木晃一, 高柳弘

p. J01
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J01.0

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PoLyInfoの高分子辞書を拡張するための仕様を策定した。ポリマーブロックの取り扱い及びポリマー反応の登録に関して、簡単な線状ホモポリマーのみしか扱えなかったものを複雑な構造・組成まで扱えるように拡張し、合成反応までを正確に構造表示できるように拡張した。

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CAST/CNMRシステムにおけるCANOSTコードの高速生成法

小市俊悟, 岩田覚, 宇野毅明, 越野広雪, 佐藤寛子

p. J02
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J02.0

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CAST/CNMRシステムにおいて、分子の平面構造の情報を記述するのに用いられる改良CANOSTコードの生成法を紹介する。この生成法はグラフに対する幅優先探索法等を利用し、高速な生成と規範性の高い符号化を実現している。これにより、CAST/CNMRシステムの実用化が進んだ。

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トポロジカルインデックスによるオクタン価の化学的意味

細矢治夫

p. J03
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J03.0

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ガソリンの燃焼効率を表すために古くからオクタン価が使われている。この値は、燃焼実験の結果から割り振られているだけで、それが理論的にどう解釈されるかはこれまでほとんど扱われていなかった。著者が以前に提出したトポロジカルインデックス(Z)を使って解析することによって、このオクタン価の物理化学的意味がわかったので報告する。

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自己組織化マップを用いたGタンパク質共役型受容体の分類

中山堯, 森昭人, 大瀧丈二, 山本晴彦

p. J04
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J04.0

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Kohonenの自己組織化マップの方法を用いて，Gタンパク質共役型受容体に対する分類予測システムを開発し，実験の結果，既知の15のファミリーに高い精度で分類できることを示した．アラインメントなしのデータに対しても高い分類性能を持つことが示された．

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合成設計システムSYNSUP

高畠哲彦, 河合隆, 田中章夫, 嘉藤田渉, Bersohn Malcolm, Gruner Daniel

p. J05
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J05.0

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合成設計システムSYNSUPをネットワークから簡便に利用できるユーザ環境を構築し社内研究者に公開した。

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遷移状態データベースVII‐TSDBを用いた合成経路評価手順の検討‐

山口徹, 堀憲次

p. J06
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J06.0

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我々はこれまで合成経路開発に遷移状態データベース（TSDB）をどのように利用するかについての検討を行ってきた。本研究では、AIPHOS/KOSPより得られた合成経路の可能性を、FIND_TSINFOとTS_Searchを組み合わせて評価する手順についての検討を行った。また、FIND_TSINFOの改良も行ったので合わせて報告する。

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立体化学と立体化学命名法を統合的に取り扱うための群論的方法

藤田眞作

p. J07
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J07.0

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点群と置換群を統合したRS-立体異性体群(RS-stereoisomeric groups)と立体異性体群(stereoisomeric groups)を考えることにより、立体化学と立体化学命名法を統一的に議論できることをあきらかにする。四面体構造およびアレン構造にもとづく異性体が、5種に分類できることを示し、このうちの3種がRS-命名法で記述できることを示す。

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生分解性に対するＮＩＴＥの取り組み

野口良行, 櫻谷祐企, 笠井健二, 山田隼, 西原力

p. J08
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J08.0

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化学物質の安全性点検は多大な費用・時間・労力を要するため、既存化学物質の実測評価試験は、なかなか進まないのが実情である。各国の化学物質管理に携わる当局も、構造活性相関手法の適用に取り組んでいる。NITEは生分解系を物理化学的反応系と微生物による反応系に分けて考える。まず加水分解反応を取り上げ、これを予測するシステムを構築する。

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化審法新規化学物質試験データを用いた生分解性予測モデルの検証

櫻谷祐企, 笠井健二, 山田隼, 野口良行, 西原力

p. J09
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J09.0

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化審法新規化学物質試験データを用いて、各種生分解性予測モデルの検証を行い、その予測精度や適用範囲を明らかにし、比較した。

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計算化学を用いた有害物質の分解性評価システムの開発

池永裕, 堀憲次

p. J10
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J10.0

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自然界に放出された全ての有害物質の自然分解性を実験的に確かめることは困難である。そのため、実験を伴わない有害物質の自然分解性評価システムの開発が必要とされている。今回、我々は計算化学を用いた加水分解反応による有害物質の分解性評価システムの構築を試みたので報告する。

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節領域計数による分子軌道の分類法

秦野やす世, 山本茂義, 舘脇洋

p. J11
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J11.0

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波動関数の節面の数は、波動関数の性格付けを行う上で非常に重要な働きをする。たとえば、１次元の調和振動子の波動関数においては、節面数は量子数に等しい。一般の３次元のポテンシャルでは，1次元で見られる単純な関係は保障されないが，節面数が重要な数値である点は変わらない。我々は分子軌道の節領域（nodal region）数を数えるプログラムを開発した。アルゴリズムの概要および、水素原子軌道、水分子、エチレンのRydberg軌道、CO分子の結合解離に適用し、分子軌道の分類や性格付けに使えることを報告する。

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ルテニウム・ポリピリジル錯体に関する理論的研究

北尾修

p. J12
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J12.0

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ルテニウム・ポリピリジル錯体は色素増感型太陽電池においてよく用いられる。我々は非経験的量子化学計算の手法で一連の錯体を取り上げ、構造・電荷分布さらに溶媒和効果について調べ、その結果に基づき錯体の電池における役割について議論した。

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密度汎関数法プログラムProteinDFによるタンパク質の量子計算

佐藤文俊, 井原直樹, 上野哲哉, 田原才静, 恒川直樹, 西野典子, 西村康幸, 平野敏行, 吉廣保, 稲葉亨, 小池 ...

p. J13
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J13.0

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当グループではタンパク質をありのまま扱う密度汎関数法プログラムProteinDFを発展させている。初めて計算を達成してから3年の間でまったく実用的な時間で、それほど試行錯誤することなく達成できるまでに成長し、チャンピオンデータも大幅に更新した。研究成果と将来展望について議論する。

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原子・分子の相対論的高次相関計算アルゴリズム

松浦弘幸, 中野正博, 根本哲也

p. J14
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J14.0

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相対論的な場の量子論を用いた、非摂動論的な電子密度の計算方法のアルゴリズムが完成した。この方法は、従来のHartree, Hartree-Fock, Random Phase Approximationを、我々の方法の特殊な場合の一部として含んでいる。原理的には、第一原理からの相対論的な全電子計算であり、電子の高次相関は全て含まれている。また、数値計算としても、第1歩を踏み出したので、Hartree, Hartree-Fock, Random Phase Approximationtと我々の計算方法の比較も提示し、Hartree, Hartree-Fockでは、計算できない領域が存在することを示す。

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次世代分子力場の構築

後藤仁志, 小畑繁昭, 中山尚史, 鎌倉寿行

p. J15
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J15.0

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ナノテクやバイオ関連分野の研究に注目が集まる中、分子シミュレーションに対する要請も非常に高くなっている。そこで本討論会では、我々が開発して来た新しい分子ポテンシャルについて報告するとともに、ＱＭ／ＭＭ法やＯＮＩＯＭとは異なる視点から分子力学法と分子軌道法のハイブリッド化を目指した次世代分子力場について議論する。

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メルドラム酸の酸性度の理論的解析-CH酸の酸性度と局在化反応軌道の性質の関係-

大和田智彦, 中村聡, 平尾一

p. J16
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.J16.0

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メルドラム酸（Meldrum's acid）はカルボニル基のα位の酸性に基づくC-H酸であるが、関連化合物に比べ酸性が異常に高いと見なされてきた。本研究では我々が提案したフロンティア軌道(FMO)理論というカノニカル単一軌道では表現できない反応性を表現しうる新しい局在化軌道（反応性軌道）を用い（この新しい局在化空軌道は [反応軌道密度]/[軌道エネルギー] という値を最小にするように定義している）、酸性度をC-H空軌道への塩基電子の非局在化と考え、メルドラム酸の酸性度は決して説明できない異常なもではなく、他のカルボニル型C-H酸も含めて矛盾無く期待できる性質であることが分かった。

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ポスターセッション

パーソナルコンピュータ利用による白金-195　ＮＭＲデータベース作成(続報)

渡部正利, 山崎昶

p. JP01
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP01.0

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現在までに報告された白金－１９５ＮＭＲの化学シフトデータの集積を行い、およそ七千件までのデータベース化を完了した。集計にはspread sheet software を活用し、通常のパーソナルコンピュータでの利用を可能とするように考えてある。

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有機天然物のNMRスペクトルデータベース「CH-NMR-NP」システムの展開‐部分化学構造検索‐

早水紀久子, 安田幸二

p. JP02
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP02.0

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昨年度の本討論会に引き続き「有機天然物のNMRデータベース」を発展させた。データ項目の追加とともに、データ量を増やし、2001-2003年の関連ジャーナルから3470件の天然物とNMRスペクトルを収録した。現在引き続いて2004年のJournalからの収録作業中である。天然物名は非常に任意性が高いので部分化学構造からの検索が重要である。データベースシステムはJavaの下で稼動するので部分構造検索もJAVAベースの化学構造ハンドリングのソフトウエア"JChemBase"を利用した。データベースの構築にはISIS/Baseを利用しているがISIS/Baseで描いた化学構造ｃ泣tァイルがそのまま JChemBaseで検索可能である。

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SDBSのアクセスログの解析

齋藤剛, 塚本啓一, 村山清司, 小島功, 衣笠晋一

p. JP03
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP03.0

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SDBS（有機化合物のスペクトルデータベースシステム）はインターネットで公開している統括的スペクトルデータベースである。検索項目、化合物やスペクトルなどのアクセスログの解析を行い興味深い傾向が現れているので、最近のデータベース活動をあわせてここに発表する。

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反応評価機能を持つ反応設計クライアント・サーバシステムの開発

太田圭輔, 船津公人, 塚本幸治

p. JP04
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP04.0

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本研究では、有機合成経路設計と反応生成物予測に基づく反応評価の機能を持ち合わせた反応設計クライアント・サーバシステムの開発を行っている。今回、反応評価のための機能として複数反応物間の反応予測、ならびに反応部位や反応条件に着目した反応式のソーティング機能を追加し、実際性の高い反応経路探索および副生成物や反応条件に着目した反応評価を容易に行うことが可能になったので報告する。

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医薬品設計支援のための多段階合成反応予測システム

勝見広幸, 太田圭輔, 山本史雄, 楠瀬直人, 船津公人

p. JP05
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP05.0

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医薬品設計支援を目的として、有機合成反応の知識ベースにもとづいて、多段階の合成反応で生成可能な化合物を予測・評価するシステムを開発した。

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化学名（体系的名称）から平面構造式を生成するシステムの構築(その６)

松浦育敏

p. JP06
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP06.0

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天然物および関連化合物の命名法を改定したIUPACの1999年勧告 "Revised Section F: Natural Products and Related Compounds" に基づく化学名をサポートした。天然物の基本母核並びにそれを修飾(R/S,α/β,nor,homo,seco,abeo,retro,apo..)した化合物の構造と立体化学を認識し平面構造式に展開する手法を述べる。

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反応形式の数え上げ - 5, 7 員環への適用

中西美典, 藤田眞作

p. JP07
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP07.0

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虚遷移構造 (ITS) を用いて、反応形式を 5, 7 員環反応グラフとして定式化した。コンピューターによりアルゴリズム的にこれらの反応形式の数え上げをおこなった。これにより数学的組み合わせ論では不可能な原子価を考慮した数え上げもおこなうことができた。

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XyM Notation による化学構造式表記支援プログラムの開発

中野英彦, 林治尚

p. JP08
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP08.0

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藤田によって開発されたXyM Notationは、化学構造の線形表記法の一種であり、LaTeXのマクロ集であるXyMTeXシステムにより高品質の印刷が可能であるなどの有用な機能を持っているが、同Notationを直接記述することは一般の化学者にとっては容易ではない。そこで、画面上に構造式を表示させながら部分構造を組み立てることによりXyM Notationによる表記が出来るプログラムを開発した。

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分子特性のインタラクティブ可視化法の開発とグラフィックライブラリ基盤の構築

佐藤寛子, 青木淳, 浅岡浩子, 山本恭裕, 中小路久美代

p. JP09
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP09.0

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分子特性数値化システムFRAUを対象とし、分子情報の可視化手法とソースコード基盤の構築に着手した。3Dマルチメディアオープンソースライブラリ「じゅん」の多彩なライブラリ群に根差した合目的的な機能の実装、操作性や使い心地を考慮したインタラクションデザインを中心とする開発プロセス、および必要な要素技術のライブラリへのフィードバックにより、化学分野にも有用な基盤構築が期待できる。

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ファンデルワールス３量体に関する理論的研究（３）： R2/NH3(R=He,Ne,Ar)

関山秀雄, 平山弘和, 高橋裕輔, 加藤真ノ介

p. JP10
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP10.0

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希ガスーアンモニアのつくるファンデルワールス３量体(R2/NH3(R=He,Ne,Ar))に関する非経験的計算による研究結果を報告する。昨年度に引き続き、今回はNe2/NH3に関する結果を新たに加え、さらに３量体の相互作用エネルギー分割についても報告する。

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アンモニア２量体とアルゴンとの相互作用に関する理論的研究

平山弘和, 関山秀雄

p. JP11
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP11.0

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アンモニアの２量体とアルゴンとの分子間相互作用に関して非経験的計算による研究結果を報告する。アンモニアの２量体の安定構造に関する検討、さらにアンモニアの２量体とアルゴンとの３量体クラスターの安定構造について議論する。

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ひずみをもった金属錯体の量子化学計算‐炭酸イオンがキレート配位した八面体型コバルト(III)錯体の構造最適化‐

田浦俊明, 小林友和, 舘佳奈子

p. JP12
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP12.0

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コバルト(III)錯体は正八面体構造をとるが、炭酸イオンがキレートでコバルト(III)イオンに配位すると、正八面体からひずんでくる。この結果、カルボナト錯体の反応には大きな変化が現れる。本研究では密度汎関数計算をもちいて各種コバルト(III)カルボナト錯体の構造を最適化し、X線構造解析の結果と比較し検討した。

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金ハロゲン化物とポリハロゲン化物の構造に関する量子化学計算

西村智佳, 鷹野景子

p. JP13
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

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過剰ヨウ素存在下の有機溶媒系に金が溶解し、溶液中に金ハロゲン化物イオンの形で存在することが報告されている。本研究では、関連するポリハロゲン化物イオンとの比較も含めて、金ハロゲン化物の幾何学構造、電子構造の特徴を量子化学的観点から考察する。相対論的効果の影響についても議論する。

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[2.2.3]シクラジン類の電子スペクトルに関する理論的研究

重光保博, 富永義則

p. JP14
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP14.0

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周辺10π系共役化合物である[2.2.3]シクラジンは、[10]-アヌレンのモデルとして芳香族性議論の対象とされてきた。しかしその電子スペクトルに関する系統的な理論解析は報告されていない。本報告では、高度な電子相関を考慮したSA-CASSCF/MS-CASPT2に基づいて、可視～紫外領域の吸収ピークの同定を試みた。

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フロンティア軌道の類似性について

水上善博

p. JP15
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP15.0

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ダイべンゾフランの同族体136種のフロンティア軌道を求めその基本骨格における分子軌道の重なりの大きさからフロンティア軌道の類似性を求めた。具体的には、毒性が強いダイべンゾフランのHOMOを基準に塩素が1～8個付いたポリ塩化ダイべンゾフランのそれぞれのHOMOとの重なりを計算し、類似性の高い同族体を分類し毒性との関係を考察した。

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分子軌道計算に基づく創薬分子設計：ABCG2による抗癌剤耐性を回避する分子デザイン

合田(日向寺) 祥子, 野村淳磨, 櫻井実, 徳島大介, 高田俊和, 長嶋雲兵, 中川大, 石川智久

p. JP16
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP16.0

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ABCG2が過剰発現する細胞株は、抗癌剤イリノテカンの活性中間体(SN-38)を細胞外に排出することで薬剤耐性を生じる。本研究では、抗癌剤耐性を回避する分子デザインを行うため、MO計算とNN解析を用いてSN-38と14のアナログの解析を行った。

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フッ素化プロパンとヒドロキシルラジカルとの反応速度の計算

杉江正昭, 内丸忠文, 徳橋和明

p. JP17
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP17.0

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化学物質の環境影響を考えるにあたって重要なOHラジカルとの反応速度を遷移状態理論に基づいていくつかのフッ素化プロパンについて計算した。分子および遷移状態の構造の計算には6-31G**/MP2、エネルギーの計算にはMP-SAC2法を用いた。反応速度の実測値のあるものについて計算値と比較することにより、推算法の有効性を確かめることができた。

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共役系1,2-ジケトンエノール二量体の分子間水素移動における分子構造のねじれ

今城文雄

p. JP18
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP18.0

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トロポロンや2-ヒドロキシシクロペンタジエノンの分子間水素結合二量体における分子間水素移動においては、その遷移状態はカルボン酸二量体の場合とは異なり、平面性が保たれずに二つの共役系がねじれた構造となる。これが固体トロポロンにおける分子運動の一因となっているが、その原因についてDFT計算を用いて考察する。

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CSDに基づいた結晶力場の構築

小畑繁昭, 後藤仁志, 中山尚史

p. JP19
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP19.0

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ケンブリッジ構造データベース（CSD）に蓄積されたX線結晶構造情報から、分子間に働くvdW相互作用、近距離相互作用、および静電相互作用を独立、かつ精密に表現できる分子間ポテンシャルを構築した。ポテンシャル関数のパラメータは遺伝的アルゴリズムにより最適化した。結果、 X線結晶構造を高い精度で再現できた。

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事務局から

p. 1
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.1.0

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プログラム

p. 2
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.2.0

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ZINDO計算によるマメグンバイナズナ水溶性クロロフィルタンパク質複合体の吸収スペクトルの解析

大槻孝之, 内田朗, 大島茂

p. JP21
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP21.0

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マメグンバイナズナに含まれる水溶性クロロフィル(Chl)蛋白質複合体（CP663）のChl環境の解析を目的として、X線構造解析で得たCP663の構造を基にChl対モデルを作成し、その電子遷移をZINDO計算で求めた。Chl 対モデルの種類と量を変化させる事により、CP663の吸収スペクトルを再現することができた。この時ホモ及びヘテロのChl対の存在比は約5：1であった。

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茶カテキン分子分割位置によるFMO法の全エネルギーと電荷密度の精度検証

田村克浩, 稲富雄一, 長嶋雲兵

p. JP22
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP22.0

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生理活性物質として知られている茶カテキン分子にFMO法を適用し、分割位置による全エネルギーと電荷密度の精度を検証し、分割位置が電荷密度および全エネルギー精度に大きく影響すること、また分割位置を選択することで両者が十分な精度を持つことを見いだした。

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密度汎関数法プログラムにおけるグリッド生成アルゴリズムの高速化

田原才静, 稲葉亨, 佐藤文俊

p. JP23
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP23.0

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密度汎関数法に基く量子計算プログラムで超大規模タンパク質の計算を行う際には、交換相関ポテンシャルを見積るためのグリッド生成の計算量がNの3乗オーダーで律速となる。本研究では遠方にあり空間分割に影響を与えない原子をあらかじめ調べておき計算から省くことでこの部分の高速化を図った。

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半経験的分子軌道法によるタンパク質全構造の最適化の戦略

牟田元, 平山令明

p. JP24
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP24.0

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タンパク質の計算を高速に行うことが可能なLocalSCFプログラムを用いた半経験的分子軌道法計算によるタンパク質全体の構造最適化を行い、構造の収束過程、最適化構造、および基本的な計算結果（全エネルギー、部分電荷など）を検討した。

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高次元アルゴリズムに基づくオリゴペプチドの構造解析‐コンホメーション変化の水素結合依存性について‐

家入寛子, 石元孝佳, 常盤広明, 長嶋雲兵, 寺前裕之

p. JP25
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP25.0

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タンパク質は生体内でわずかな時間でフォールディングし、特定の三次元構造を持つ。このフォールディング過程の追跡を行うため、高次元アルゴリズムに基づく非経験的分子動力学法を採用した。タンパク質のプロトタイプサンプルとして数種のオリゴペプチドの分子動力学計算を行った結果広範囲での構造間の変化が確認できた。

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アミノ酸残基の三次元的配置の類似性に基づくタンパク質機能発現部位の発見法（４）セリンプロテアーゼによる検討

中山伸一, 真栄城哲也

p. JP26
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP26.0

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我々は、アミノ酸残基の三次元的配置が重なり合う部分を抽出することによるタンパク質機能発現部位の発見方法を提案して来た。今回、非常に類似したものからかなり異なるものまで多様な構造をもつセリンプロテアーゼ群を対象に、この方法論の適用範囲と限界を明らかにしたので報告する。

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非線形分類法による押収覚醒剤のプロファイリング

山下典之, 錦織理華, 岡本晃典, 横田雅彦, 安永照雄, 高木達也

p. JP27
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP27.0

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既報で、押収覚醒剤の不純物分析によるプロファイリングには、主成分分析や因子分析などの線形分類法では不充分であることを見てきた。今回は、カーネル主成分分析法などを用い、非線形分類法による分類を試み、一定の成功を収めることができたので、報告する。

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PCB異性体の分子構造特性に基づく水溶解度予測について

牧野正和

p. JP28
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP28.0

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PCB塩素置換位置異性体の水溶解度予測モデル構築を目指した。分子構造指標は、塩素置換基上の電荷総和等を用いた。モデルは、ニューラルネットワーク(CNNs)と主成分回帰分析に基づいて構築し、両モデルの予測精度を比較・検討した。この結果、CNNsモデルの予測精度が僅かに良いことが分かった。

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ニューラルネットワークを使用した液晶相の発現予測

潮田誠, 宮澤和利, 田辺和俊

p. JP29
発行日: 2004年
公開日: 2004/12/07

DOIhttps://doi.org/10.11545/ciqs.2004.0.JP29.0

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近年、液晶ディスプレイの高精細化に伴い、液晶化合物に要求される特性が高度化する中、最も基本となる液晶相の発現が合成前に予測できれば、化合物開発の効率化に有効である。そこで分子構造から得られる情報を基にニューラルネットワークを使用した液晶相の発現予測の可能性を検討した。

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