Journal of Chemical Software
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7 巻 , 1 号
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  • 古明地 勇人, 田島 澄恵, 原口 誠, 高橋 伸幸, 上林 正巳, 長嶋 雲兵
    2001 年 7 巻 1 号 p. 1-28
    発行日: 2001/03/01
    公開日: 2001/05/31
    ジャーナル フリー
    分子動力学シミュレーションは、生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが一般に認められている。本総説では、筆者らが開発した生体分子解析用ソフトウェアPEACH(Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules)を使って、タンパク質とDNAの分子動力学シミュレーションを行う場合の手続きを、実践的に解説する。
  • 時田 澄男, 木戸 冬子, 杉山 孝雄, 細矢 治夫
    2001 年 7 巻 1 号 p. 29-46
    発行日: 2001/03/01
    公開日: 2001/05/31
    ジャーナル フリー
    原子軌道関数は, r, θ, φを極座標とするとき, 原子核からの距離rのみに依存する動径部分Rn,l(r)と,角部分Yl,m(θ, φ)の積で表される.角度θ, φのみに依存する角部分は, 球面調和関数としてYl,m(θ, φ)= Θl,m(θ)Φm(φ).の式で表わすことができる.角部分には, 波動関数の対称性に関する情報が全て含まれるため, 重要である.われわれは, AVS (Application Visualization System)というソフトウェアの等値曲面表示技術を用いて,原子軌道の角部分の数式を可視化する新しい方法を研究した. 本方法では, Yl,m(θ, φ)・rはデカルト座標の[(x, y, z)系]に変換可能であることに注目し, Yl,m(θ, φ) /r(x, y, z)の値を, 40×40×40の格子点に対して求めて, その等値曲面を描くことで,角部分表示を実現する.本研究では, Y0,0(θ, φ), Y1,0(θ, φ), Y1,±1(θ, φ), Y2,0(θ, φ), Y2,±1(θ, φ), Y2,±2(θ, φ)について,3次元の角部分の数式を可視化し, これまでと同等の表示が得られることを確認した.また, 本方法は4次元を超える原子軌道の角部分の可視化にも適用でき, 拡張性が高いことを確認した.
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