Chem-Bio Informatics Journal

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Short interfering RNA (siRNA)は遺伝子の機能を容易に調べる手法として最近幅広く使用されて来ている。しかしながら、この手法を用いた時の遺伝子抑制度合いは哺乳類遺伝子の場合大きく変動する事が知られている。このため、siRNA設計用のルールやガイドラインが最近幾つか報告されている。ところが、これらのルールを定性的及び定量的な側面から調べてみると、多くの遺伝子に対して、必ずしも汎用性があるとは言い難いことが判った。これは、ルール等を作成した際に特定の遺伝子群を解析して作られたことに起因していると考えられる。そこでsiRNAによる遺伝子抑制効果は該当遺伝子から抽出された配列に依存するという性質をより詳しく調べてみるために、文献に報告されている有効配列860例(503遺伝子)を調べてみた。その結果、有効なsiRNA配列には、配列内の位置によって発現頻度が大きく異なる有意性があり、しかもこれらは従来のガイドライン等で報告されていた位置や頻度と大きく異なる事が判った。そこで、これらの特徴を基にしてsiRNA配列の有効性を示す尺度(スコア)を定義して、最近報告されている抑制の高い有効配列とそうでないものについて評価してみた。その結果、ここでの方法は有効配列とそうでないものを従来の方法に比べてより明瞭に識別する事が判った。従って、本方法は新規のsiRNAの配列候補を選択するのに有効である。本論文では更に有効でないsiRNA配列候補の除去方法や従来から論議されているＧＣ含量の有効性についても解析している。

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