Chem-Bio Informatics Journal

Original

Circular permutationを取り扱うことのできる構造局所アラインメント

廣池隆明, 藤博幸

原稿種別:
専門分野: 分子計算
2001 年 1 巻 3 号 p. 103-114
発行日: 2001年
公開日: 2001/12/07

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.1.103

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蛋白質の立体構造の局所的な類似を見い出す手段として、構造局所アラインメントと呼ばれる手法がある。この手法は、各残基の立体構造中における相対的な位置（構造環境）の類似度を評価することにより、局所的に類似した構造を持つ残基間に対応づけ（アラインメント）を行う方法である。構造局所アラインメントには、Orengo & Taylor(1993)により開発されたdouble dynamic programming algorithmを利用した方法がある。しかし、彼等の手法では、ある残基は、構造環境とよばれるその残基のβ炭素から他の全ての残基のβ炭素へのベクトルの集合で表現され、その集合の要素は、ベクトルの向く先の残基の一次構造上の残基番号に従い順序付けられている。この構造環境に基づく類似性の評価は、その表現における１次構造上の順序依存性のため、circular permutationによる配列の入れ替わりによって生じる局所的な類似構造の検出は困難であると考えられた。そこで、我々はcircular permutationにより生じた局所類似性も取り扱えるように、各残基の構造環境をcircular permutationに不変になるように構造環境を再構築し、double dynamic programming algorithmによる構造局所アラインメントの適用できる範囲を拡張した。

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Communication

受容体データベースの拡張

中田琴子, 高井貴子, 中野達也, 神沼二真

原稿種別:
専門分野: 分子計算
2001 年 1 巻 3 号 p. 115-119
発行日: 2001年
公開日: 2001/12/07

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.1.115

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受容体データベース（http://impact.nihs.go.jp/RDB.html）は、研究者が受容体に関する様々なデータを系統的に取得できるように開発され、1997年にインターネットで公開された。最近データ内容を更新するとともに、新たなウェブ接続サイトを拡張し、データ機能も追加された。新RDBの目的は受容体―リガンド結合の考察のみでなく、結合後の信号伝達パスウェイを説明することにより、構造生物学者や医薬品設計者を支援することである。

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インターネット上のSNPs収集システム

中田琴子, 徳永雅彦, 戸田恭子, 高井貴子, 神沼二真

原稿種別:
専門分野: 分子計算
2001 年 1 巻 3 号 p. 120-123
発行日: 2001年
公開日: 2001/12/07

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.1.120

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遺伝的多型、特に一塩基多型（SNPs）データは急速に蓄積されておりインターネット上で公開されている。しかしながら、一連の遺伝子やタンパク質に関心のある一般の研究者にとっては、これらの遺伝子やタンパク質の遺伝的変化を収集しデータ更新するために時間を浪費することが多い。これらの遺伝子やタンパク質をあらかじめシステムに登録して探索し取得できるよう本収集システムを開発し、薬の標的受容体を含む種々のタンパク質について試した。

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