Chem-Bio Informatics Journal

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水和Cu(II)イオンのFMO3-UHF-MD シミュレーション

加藤雄司, 藤原崇幸, 古明地勇人, 中野達也, 森寛敏, 沖山佳生, 望月祐志

2014 年 14 巻 p. 1-13
発行日: 2014/07/04
公開日: 2014/07/04

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.14.1

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フラグメント分子軌道(FMO)法に基づく分子動力学シミュレーションをCu(II)イオンと64個の水分子を含む液滴モデルに対して適用した。全エネルギーと力は非制限ハートリーフォック(UHF)計算で3体フラグメント補正までを考慮したFMO3-UHFレベルで評価した。中心Cuの第一水和圏に各々6個と5個の水分子が囲む条件で2通りのMDを実行した。その結果、Cu-O動径分布関数の第一主ピークの位置は2.02Åとなり、実験値に対して良好な対応となった。O-Cu-O角度分布関数は2つのMDで違う傾向を示した。

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非制限ハートリーフォック(UHF)計算に対する最適ダンピングアルゴリズムの開発

山本純一, 望月祐志

2014 年 14 巻 p. 14-33
発行日: 2014/09/12
公開日: 2014/09/13

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.14.14

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開殻電子系の非制限ハートリーフォック(UHF)計算に対して2種の最適ダンピングアルゴリズムを開発した。積分直接処理型の自己無撞着(SCF)手続きにおけるαフォック行列とβフォック行列の更新を同時に行うか交互に行うかで2種のアルゴリズムは異なっており、各々について対応する方程式の組が導出された。テスト計算の結果、同時更新アルゴリズムの方が優れていることが示された。

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