Chem-Bio Informatics Journal

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プリオンタンパク質の分子動力学シミュレーション　-Ala¹¹⁷ →Valアミノ酸変異の影響-

沖本憲明, 山中一徳, 末永敦, 平野秀典, 二木紀行, 成見哲, 泰岡顕治, 薄田竜太郎, 小石貴裕, 古沢秀明, 川 ...

原稿種別:
専門分野: 分子計算
2003 年 3 巻 1 号 p. 1-11
発行日: 2003年
公開日: 2003/03/14

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.3.1

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我々は、遺伝性プリオン病の１つである終脳型Gerstmann-Straussler-Sheinker症候群にみられる遺伝子変異A117Vとプリオンタンパクの構造の相関について分子動力学的研究を行った。本研究では、5個のプリオンタンパク質の構造について周期的条件または非周期的条件下で行った。計算の結果、正常体モデル(109-228 と 90-228)の球状ドメインの構造は比較的安定に保持されていることがわかった。これに対し、変異体モデル(109-228 と 90-228)の球状ドメインの構造では、A117Vを含むN末端の構造がドメイン構造と密接に関係し、β-シート構造の増長が観察された。

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酵母DNAマイクロアレイ技術を利用した、農薬リンダンのバイオアッセイ

パルビーンメヘール, 百瀬祐子, 北河恵美子, 栗田早規子, 児玉修, 岩橋均

原稿種別:
専門分野: 分子計算
2003 年 3 巻 1 号 p. 12-29
発行日: 2003年
公開日: 2003/03/14

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.3.12

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農薬として広く利用されているリンダンについて、酵母DNAマイクロアレイ技術を利用した毒性評価について検討した。cDNAはリンダン処理した細胞由来ならびに未処理細胞由来から調製した。約６０００種類の標的遺伝子のうち、２倍以上に誘導されているものは２８８種類であった。このうち１１２種類の遺伝子は機能が未知の遺伝子であった。リンダンによって誘導された遺伝子のうち、機能が明らかにされている遺伝子についてデーターベース（MIPS）を参照することで機能分類を行った。「ミトコンドリアの機能」「酸化ストレス」「イオンの恒常性」等に関係する遺伝子の誘導が顕著であった。さらにリンダン処理によって得られた遺伝子発現情報をクラスター解析したところ、類似の発現プロフィルを示す化学物質は発見できなかったが、DMSOとジンジャオールに近いことを示していた。

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DNAチップデータからの外れサンプルの同定：組織病理学的診断への影響

門田幸二, 富永大介, 秋山泰, 高橋勝利

原稿種別:
専門分野: ゲノムワイドな実験データの解析
2003 年 3 巻 1 号 p. 30-45
発行日: 2003年
公開日: 2003/03/14

DOIhttps://doi.org/10.1273/cbij.3.30

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DNAマイクロアレイデータに基づく未知サンプルの病理学的診断の試みは、遺伝子発現情報解析の主要トピックの一つである。ここでいう外れサンプルとは、間違ったラベルがつけられるか或いは他のサンプルに比して極端に異質性が高いものを指し、その遺伝子発現プロファイルはそれ以外のサンプル群に比べて極端に異なっていることが確認されている。そのため、外れサンプルは、診断に用いる“疾患感受性候補遺伝子群の抽出”に悪影響を及ぼすことが想定される。本論文では、赤池情報量規準にヒントを得た外れ値検出法を適用し、検出された外れサンプルについてその影響評価を行ったので報告する。今回用いた方法の主な長所は、危険率設定(5%、1%等)の手続きを必要とせず、統一的且つ客観的な検出が行える点である。本手法を癌及び正常サンプルのアレイデータ(計62例)にそれぞれ適用した結果、計7例を外れサンプルとして検出した。これらを除く残りの55例をもとに、抽出した疾患感受性候補遺伝子群の二群間で発現プロファイルが異なる度合い及びそれらを用いた交差確認による診断精度は、全62例を用いた場合に比べて高いことが確認された。さらに、検出された7例中5例は以前の解析結果から異質性が示唆されたものであった。このことから、アレイデータを用いた病理診断を行う上で、予め外れサンプルを検出することの重要性、及びそれを達成する上で本手法が有効であることが示された。

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