アベマキは二次林構成種であり、人里近くに多く見られる。本研究では本州のアベマキを対象に、7集団について核 DNAおよび葉緑体 DNA由来の SSRマーカーを用いて遺伝構造を調べた。葉緑体 DNAではアベマキの全個体が1つのハプロタイプに固定しており、過去のボトルネックの経験と近年の急速な分布拡大が示唆された。アベマキの核 DNAの遺伝的多様性は高く（平均R_S=4.58、H_E=0.694）、ある程度の集団間分化もみられた（F’_ST=0.087.0.100）。STRUCTURE解析では、アベマキから2つのクラスターが検出され、東北の1集団を除いて、これら2クラスターの混合パターンがみられた。一方、日本原産の多くの樹種とは異なり明確な空間遺伝構造は見られず、人為の影響は否定できなかった。近縁種であるクヌギとの種間関係も評価したところ、葉緑体DNAはアベマキと同一のハプロタイプに固定されている一方、核DNAでは明確な種分化がみられた。また両種が同所的に生育する集団では種間混合パターンが見られた。これらのことからアベマキの遺伝構造の理解には過去の分布変遷の他、人間活動の影響や種間交雑も考慮すべきことがわかった。