Journal of Computer Chemistry, Japan
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6 巻, 4 号
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研究論文
  • 分子動力学法によるピレン修飾核酸の塩基配列認識プローブ設計のための基礎的研究
    佐々 和洋, 宇野 健, 林 治尚, 中野 英彦
    2007 年 6 巻 4 号 p. 227-234
    発行日: 2007/09/15
    公開日: 2007/10/19
    DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.6.227
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    塩基配列を迅速に判別するためのシステム開発は、医療のみならず様々な分野において重要な研究課題である。核酸へ蛍光物質を修飾した遺伝子プローブは魅力的なプローブとして期待されている。その中で、蛍光物質としてピレンを利用したピレン修飾DNAおよびRNAにおいて、ピレン修飾RNAのみが相補鎖のRNAと二重螺旋を形成した際、蛍光が著しく増大することが示されている。しかし、ピレンとピレン周辺の詳細な構造やピレン自身の挙動などは明らかにされていない。そこで本研究では、ピレン修飾DNAおよびピレン修飾RNAの分子動力学（MD）シミュレーションを行い、ピレン修飾部の挙動や構造を比較検討し、ピレンがピレン修飾DNAでは二重螺旋内部に、ピレン修飾RNAでは二重螺旋外部に配座すること、その際の詳細な構造や挙動を明らかにした。さらにはピレン修飾RNAにおいてミスマッチによるピレンの挙動の変化についても検討した。
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  • On the Recognition of Composed Systems of Stereocenters in Molecular Graph Theory by Wreath Products
    Bernd GUNTHER, Jochen ZUGGE
    2007 年 6 巻 4 号 p. 235-244
    発行日: 2007/09/15
    公開日: 2007/10/19
    DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.6.235
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    We are going to demonstrate how group theory can be used for the detection, classification and validation of systems of related stereo centers in molecules. At the core of the formalism, which is suitable for computer programming and has been tested against ten million organic compounds, lies an analysis of the transformational properties of the molecule in terms of the action of those symmetry operations that conform to its graph theoretical structure while possibly modifying its stereochemical properties.
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技術論文
  • 分子骨格操作に伴う分子軌道変化の等値面リアルタイム描画システム
    中 貴俊, 山本 茂義, 秦野 やす世, 遠藤 守, 山田 雅之, 宮崎 慎也
    2007 年 6 巻 4 号 p. 245-252
    発行日: 2007/09/15
    公開日: 2007/10/19
    DOIhttps://doi.org/10.2477/jccj.6.245
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    核座標の変化による分子軌道の変化をリアルタイム観察できる分子軌道可視化システムMOOTICを開発した．このシステムでは，テクスチャマッピングの混合処理による高速なレンダリング方法を適用することによって，変化する分子軌道をリアルタイムに表示できる．あらかじめ，核座標が変化したときの一連の任意数の分子軌道データ（ボクセルデータ）をキーフレームとして構成しておき，次にキーフレーム間の中間状態をテクスチャマッピングの内挿を高速に処理して出来る画像群として表示させることで，一組のキーフレームから中間フレームをリアルタイムに表示するものである．描画を高速化するために，新しい手法を開発した．Microsoft Windows環境下でのシステム適用例として，水素分子の2σg仮想軌道の内部節領域の表示，核間距離の変化による一酸化炭素の分子軌道の変化，レチナール プロトン化シッフ塩基中の二重結合の回転に伴う分子軌道の変化を示す．MOOTICシステムには，高速化等値面表示法のほかに，各種の3D表示方法を取り入れており，これらの表示法を即座に切り替えて表示することができる．本システムは分子軌道の特徴付けに重要な役割を持つ内部節領域の数や形状を観察し，解析することに有効である．
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