Journal of Computer Chemistry, Japan
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13 巻 , 4 号
選択された号の論文の9件中1~9を表示しています
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巻頭言
ハイライト
  • 工藤 高裕
    13 巻 (2014) 4 号 p. A14-A17
    公開日: 2014/10/12
    ジャーナル フリー
    The information on protein molecule structure at atomic resolution is useful for various purposes such as understanding the mechanism of chemical reaction and developing medicines for therapy. We manage Protein Data Bank (PDB), the archive of such data. We receive the deposition of structural data determined by experimental method, and provide the archive which is accessible with no charge. PDB was established in 1971 with seven structures. Recently the number of entries increased dramatically by developing the experimental method and now we keep more than 100,000 PDB entries. PDB includes various structures such as myoglobin (PDB entry 1mbn (Figure 1), which is the first structure of the protein) and hemoglobin, which is composed of four myoglobin-like chains. We also provide interactive interface "Yorodumi"(Figure 2), which enables the operation of molecules by mouse action. Another feature of our site is a Japanese keyword search (Figure 3).
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研究論文
  • 八木 徹, 神部 順子, 中山 榮子, 長嶋 雲兵, 青山 智夫
    13 巻 (2014) 4 号 p. 199-209
    公開日: 2014/10/12
    [早期公開] 公開日: 2014/07/19
    ジャーナル フリー
    茨城県西南部,千葉県北西部,埼玉県西部の放射性物質の2012年4月から2013年3月までの一年間の環境動態を調べた.ガンマ線空間線量率の時系列変化をフーリエ変換してNyquist周波数48.2時間を境界として低周波,高周波成分とに分けた.低周波成分では,つくばみらい,石岡,牛久,土浦市,境町で7~8月に放射性物質の流入を示す線量率増加があった.高周波成分の中では24時間周期の現象がフーリエ・スペクトル中に特徴的に見出された場所があった.その現象を詳しく調べるため,毎日の4, 12, 20時の空間線量値の時系列変化を一年間にわたって調べた.12時の空間線量値は各地点特有の変化を示した.低周波,高周波成分の両方で放射性物質の移動が確認された.
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  • 本田 真彬, 成島 和男
    13 巻 (2014) 4 号 p. 210-222
    公開日: 2014/10/12
    [早期公開] 公開日: 2014/07/26
    ジャーナル フリー
    近年,有機半導体の光電変換特性は大きく向上しているものの,未だ無機半導体の持つ特性には劣っているままである.有機半導体の性能が向上した理由として,バルクヘテロ接合が生み出されたことが挙げられる.しかし,この構造の導電メカニズムは複雑であり,現在のところ詳しく解明されていない.そこで我々は,Hartree- Fock法等を用いて,p 型有機半導体であるフタロシアニン類とn 型有機半導体であるフラーレンを近づけた際の電子の移動,電荷密度の変化について調べ,キャリヤ密度の推定を行った.その結果,各分子でキャリヤが発生している可能性を見出した.
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  • Hiroshi SAKIYAMA, Katsushi WAKI
    13 巻 (2014) 4 号 p. 223-228
    公開日: 2014/10/12
    [早期公開] 公開日: 2014/08/23
    ジャーナル フリー
    Computational group theory (CGT) method investigations have been conducted for a hexakis-methylamine nickel(II) complex cation [Ni(CH3NH2)6]2+ [hexakis(methylamine-κN)nickel(II) dication] to find 54 possible conformers. Considering all the conformers, six conformers have been finally obtained after optimization based on the Density Functional Theory (DFT) computations. The most stable conformer has been found to be a helical conformer (C1 symmetry), which is suitable for avoiding steric repulsion between adjacent ligands. A related zinc(II) complex ([Zn(CH3NH2)6]2+) has also been investigated, and the same conformer was found to be the most stable. Since the energy differences among the conformers have been found to be very small, the conformers are thought to be mixed at room temperature, and the dominant species are thought to be changeable by environment for both complexes.
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  • Yuji IMAFUKU, Minori ABE, Michael W. SCHMIDT, Masahiko HADA
    13 巻 (2014) 4 号 p. 229-232
    公開日: 2014/10/12
    [早期公開] 公開日: 2014/08/20
    ジャーナル フリー
    Methodologies beyond the Born-Oppenheimer (BO) approximation are nowadays important to explain high precision spectroscopic measurements. Our work is the first development and application of the diagonal BO correction (DBOC) based on spin-free relativistic Hamiltonians. We used the second and infinite-order Douglas-Kroll-Hess Hamiltonians at their spin-free levels. Our test calculations of noble atoms (He – Xe) show that the DBOC energy (EDBOC) is approximately proportional to atomic number Z. Hence the BO correction generally increases when a molecule contains heavier atoms. We also computed the adiabatic corrections to the barrier heights for linearization of H2X molecules where X = O, S, Se, and Te, to discuss DBOC corrections for heavy elements.
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  • 染川 賢一
    13 巻 (2014) 4 号 p. 233-241
    公開日: 2014/10/12
    ジャーナル フリー
    ジチエニルエテン類のフォトクロミズムは次世代の分子レベルスイッチなどとして期待されている.本報では,その3種タイプの光閉環/光開環の可逆反応におけるポテンシャルエネルギー,立体化学変化,置換基効果等の実験データを,小さい計算負荷のMOPAC-PM6法を用いてシミュレーションした.6π開環異性体はタイプ13(3h3m)および5であり,閉環異性体は対応の24および6である.そのシミュレーションはB3LYP/6-31GやCASSCF (10,10)レベルによる既存データと比較,検証した.タイプ1と3の結晶状態での光反応では,反応炭素間距離RCC と環化反応の量子収率 φOCとの間には,RCCが 4 Å以下の3h(4'-H)5ではφOCがほぼ1であり,4 Å以上の結晶では0というデータがある.本法のシミュレーションでは基底状態と励起状態の両方につき,開環体の安定配座(anti-parallel)からの動的解析で上記現象を再現した.RCCが4 Å以下の開環体の励起では,HSOMOなどのフロンティア軌道の6π末端間相互作用が,励起一重項(3h* と5*:RCC約2.1 Å)を容易にもたらし,閉環体にする.RCCが4 Å以上の1および3m(4'-Me) の光環化は起り難く,一方溶液中では6π面の容易な変化が推定され,上記現象が合理的に説明される.閉環体2および4から,その励起一重項(2*と4*:RCC約1.6 Å)を経た開環反応過程も明らかにした.6からは6* ではなく,5* の生成が観察された.それは,6から5への光開環反応の量子収率φCO が比較的に高い原因の一つを示唆している.本報のPM6法での計算精度はB3LYP/6-31G レベルのそれと遜色ないものが多かったが,補正すべき点もあり,その補正量を指摘した.多様な分子設計や反応系解析への,PM6法の活用が期待される.
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  • 高田 雄太, 大越 昌樹, 星野 稔, 石川 敦之, 石川 誠, 中井 浩巳
    13 巻 (2014) 4 号 p. 242-249
    公開日: 2014/10/12
    ジャーナル フリー
    DNAは電荷輸送特性を有し,生理的な機能のみならず電荷輸送デバイスとしての応用が期待されている.電荷輸送特性のうち,ホール移動に関して,実験的・理論的研究から多くの知見が得られてきた.しかしながら,過剰電子移動(EET)に対する知見は限定的である.本研究ではMarcus理論に基づいて,密度汎関数理論(DFT)レベルの量子化学計算によるDNA内EET速度の算出を試みた.隣接チミン間のEET速度の計算値(2.31 − 3.49 × 1010 s−1)は,実験値(4.4 ± 0.3 × 1010 s−1)を良く再現した.また,ミスマッチ(MM)塩基対を含む系に本手法を適用し,MM塩基対の挿入によるEET速度低下のメカニズムを明らかにした.
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ノート
  • Amih SAGAN, 田島 澄恵, 中山 尚史, 長嶋 雲兵, 寺前 裕之, 長岡 伸一
    13 巻 (2014) 4 号 p. 250-256
    公開日: 2014/10/12
    [早期公開] 公開日: 2014/09/08
    ジャーナル フリー
    3中心結合を形成する最も単純な分子である等核3原子分子H3+,H3,H3について,分子軌道法によりそれぞれの構造と電子状態を算出した.用いた計算方法はHF/6–311++G**である.H3+は正三角形構造,H3とH3では直線構造を取る.この構造の違いは分子軌道の性質から説明することができる.また,それぞれの構造,軌道エネルギー,全エネルギー,Mulliken電荷の角度依存性について示した.
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