生物物理

巻頭言

必ずできる

徳永万喜洋

2006 年 46 巻 5 号 p. 241
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.241

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解説

システムバイオロジーと生命設計

倉田博之

2006 年 46 巻 5 号 p. 244-250
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.244

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電子付録

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Advances in the postgenomic technology produce huge data regarding molecular interactions. Systems biology requires a model-based analysis to understand the molecular architecture of biological systems. Systems biology consists of four stages: network identification, system analysis, system control, and system design. First, a large-scale biochemical network model is reconstructed in computer by elucidating gene functions or by inferring gene regulation networks from postgenomic data. Second, we analyze the network architectures that generate robust properties to various types of perturbations and explore some design principles underlying molecular architectures. Third, dynamic behaviors are controlled at the molecular level. Finally, we develop new technologies to rationally design a biochemical system at the molecular levels.

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総説

分子クラウディング環境は生命分子の物性と機能をいかに変えるか

中野修一, 杉本直己

2006 年 46 巻 5 号 p. 251-256
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.251

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The medium of biomolecules in a living cell differs remarkably from a dilute solution, and many properties of biomolecules that are not observed in vitro are emerged as a result of such intracellular environments. Molecular crowding which is one of the important intracellular environments changes equilibria and rates of biomolecular interactions. Studies with solutions containing high concentration of water-soluble inert cosolutes reveal influences of the molecular crowding on the structures and interactions of proteins and nucleic acids, providing significant insights not only into traditional biology but also bionanotechnology.

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細胞におけるタンパク質ジスルフィド結合創生の基本化学原理

稲葉謙次

2006 年 46 巻 5 号 p. 257-262
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.257

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Many secretory proteins undergo oxidative folding, during which they acquire intra- or intermolecular disulfide bonds. In the periplasm of Escherichia coli, DsbA functions as a primary disulfide bond donor. DsbB, which is responsible for reoxidation of DsbA, acts as a molecular machine that transforms an oxidizing equivalent of ubiquinone into a protein disulfide. A similar oxidative system exists in the ER of eukaryotic cells, where Ero1p and FAD play a pivotal role in the disulfide bond creation. This review describes the reaction mechanism of ubiquinone-dependent dithiol oxidation in Escherichia coli and proposes its similarities to the eukaryotic FAD-dependent one.

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哺乳類の酸化的ゲノム障害修復機構

井出博, 松原真由美, 片渕淳

2006 年 46 巻 5 号 p. 263-269
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.263

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DNA that carries vital genetic information constantly suffers from oxidative damage. Oxidative DNA damage is generally repaired by the base excision repair (BER) pathway initiated by damage-specific DNA glycosylases. Although the basic mechanism of BER is conserved from bacteria to mammals, recent studies indicate that mammalian cells use an elaborate and efficient repair network to cope with oxidative DNA damage. It remains elusive how BER enzymes gain access to and repair DNA lesions in the condensed nucleosome organization of the eukaryotic genome.

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放射線抵抗性細菌の新規DNA修復促進タンパク質

佐藤勝也, 大庭寛史, 鳴海一成

2006 年 46 巻 5 号 p. 270-274
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.270

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The radioresistant bacterium Deinococcus radiodurans possesses the efficient repair capacity to DNA double strand breaks. By analyzing the DNA damage repair-deficient mutant, a novel DNA repair promoting protein PprA that plays a critical role in the radiation resistance was identified. Here we review our current understanding of DNA repair and radiation response mechanisms around PprA protein.

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トピックス

タンパク質構造変化の理論：平衡ゆらぎと線形応答理論

池口満徳, 木寺詔紀

2006 年 46 巻 5 号 p. 275-278
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.275

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タンパク質合成抑制因子RelEとその調節の構造基盤

木村誠

2006 年 46 巻 5 号 p. 279-282
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.279

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電子付録

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理論/実験技術

地球シミュレータによるタンパク質の分子動力学シミュレーションの高速化

斎藤稔

2006 年 46 巻 5 号 p. 283-286
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.283

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電子付録

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自己組織化ヒドロゲルによる酵素・タンパク質セミウエットアレイ

田丸俊一, 浜地格

2006 年 46 巻 5 号 p. 287-291
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.287

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用語コラム

用語コラム1

2006 年 46 巻 5 号 p. 262
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.262

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用語コラム2

2006 年 46 巻 5 号 p. 274
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.274

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用語コラム3

2006 年 46 巻 5 号 p. 278
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.278

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用語コラム4

2006 年 46 巻 5 号 p. 291
発行日: 2006年
公開日: 2006/09/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.291

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