生物物理

巻頭言

「学不学」そして「通不通」

中村春木, 原田慶恵

2013 年 53 巻 6 号 p. 287
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.287

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解説

RNAシークエンシング

城口克之

2013 年 53 巻 6 号 p. 290-294
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.290

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The term “RNA sequencing (RNA-Seq)” often means the sequencing of cDNA generated from RNA as well as the direct sequencing of RNA. RNA-Seq has become well known as next generation sequencers emerge, particularly because their high throughput nature of data collection makes RNA-Seq a powerful tool for genome-wide gene expression analysis. In this review, I introduce, mainly from a technical point of view, a basic scheme of RNA sequencing, its development, and its application in several interesting studies.

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新ラフト仮説：細胞膜ラフトによるシグナル伝達機構

鈴木健一, 楠見明弘

2013 年 53 巻 6 号 p. 295-300
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.295

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Raft domains, generated by cooperative assembly of membrane molecules through interaction with cholesterol, have been drawing extensive attention as signaling platforms. However, the old vague raft concept is haunting the signaling as well as raft research fields, inducing various misconceptions of signaling mechanisms. Here, we review historical developments of various raft concepts, and propose a new raft hypothesis for raft structure, dynamics, transformation into signaling rafts, and signaling mechanisms, based on our new findings obtained by single-molecule tracking of raft molecules.

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総説

巨大膜蛋白質と水溶性蛋白質との相互作用の解析―植物光合成の系への適用―

上田卓見, 嶋田一夫

2013 年 53 巻 6 号 p. 301-304
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.301

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電子付録

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In the photosynthetic light reactions of plants and cyanobacteria, plastocyanin plays a crucial role as an electron carrier and shuttle protein between two membrane protein complexes: cytochrome b₆f and photosystem I. Using transferred cross-saturation method, we demonstrated that the hydrophobic patch residues of plastocyanin are in close proximity to PSI and cytochrome b₆f, whereas the acidic patch residues of plastocyanin do not form stable salt bridges with either PSI or cyt b₆f, in the electron transfer complexes. The transient characteristics of the interactions on the acidic patch facilitate the rapid association and dissociation of plastocyanin.

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NMRによるタンパク質–リガンド相互作用の定量解析法

新井宗仁

2013 年 53 巻 6 号 p. 305-308
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.305

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Determination of affinities and binding sites involved in protein-ligand interactions is essential for understanding molecular mechanisms in biological systems. We combined singular value decomposition and global analysis of NMR chemical shift perturbations caused by protein-protein interactions to determine the number and location of binding sites on the protein surface and to measure the binding affinities. This review focuses on the details of the quantitative analysis of NMR titration data. As an example, the study on the interactions of the intrinsically disordered AD2 subdomain of the tumor suppressor p53 with the TAZ2 domain of the transcriptional coactivator CBP is described.

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大腸菌全タンパク質の凝集性とシャペロン効果の網羅的な解析

丹羽達也, 上田卓也, 田口英樹

2013 年 53 巻 6 号 p. 309-312
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.309

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Protein folding is often hampered by protein aggregation, which can be prevented by a variety of chaperones in the cell. However, the relationship between the propensity to form aggregates and primary sequence and preferences of chaperones for substrates has not been understood. We comprehensively analyzed the aggregation propensity of all Escherichia coli proteins and the aggregation prevention effect of three major chaperones for aggregation-prone proteins by using a reconstituted chaperone-free translation system (PURE system). The resource obtained here can be used to investigate the properties of proteins of interest in terms of their solubilities and chaperone effects.

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電位依存性カリウムチャネルKCNQ1の複合体ストイキオメトリーと機能制御機構

中條浩一, 久保義弘

2013 年 53 巻 6 号 p. 313-316
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.313

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電子付録

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KCNQ1 channel is a cardiac voltage-gated potassium channel. KCNQ1 forms an ion channel complex with auxiliary subunit KCNE proteins. KCNE proteins dramatically change KCNQ1 gating, for example, KCNE1 slows the activation kinetics of KCNQ1 channels 100-times slower. The mechanisms how KCNE1 proteins modify KCNQ1 channel gating have been central questions yet to be answered. Here we review recent findings regarding the structure-function relationships of KCNQ1/KCNE1 complex, including the stoichiometry and the functional interactions between the subunits, and discuss how KCNE1 proteins modify the gating of KCNQ1 channels.

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トピックス

1分子キネティクス解析により示されたErbB受容体の反応調節機構

廣島通夫, 佐甲靖志

2013 年 53 巻 6 号 p. 317-318
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.317

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Waddington地形に沿った細胞種多様化のモデル実験

関根亮二, 木賀大介

2013 年 53 巻 6 号 p. 319-320
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.319

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圧力摂動によりトラップされた蛋白質のミスフォールド状態

北原亮, 北沢創一郎, 漆谷真

2013 年 53 巻 6 号 p. 321-322
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.321

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酵母の持つすべての遺伝子の限界コピー数の計測

守屋央朗

2013 年 53 巻 6 号 p. 323-325
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.323

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大規模量子計算を基礎とした酵素反応研究の現状と今後の展望

石田豊和

2013 年 53 巻 6 号 p. 326-327
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.326

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談話室

統合バイオイメージング公開シンポジウム

「医学・生命科学の革新的発展に資する統合バイオイメージングの展望」報告

曽我部正博, 永山國昭, 難波啓一, 原田慶恵

2013 年 53 巻 6 号 p. 329-333
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.329

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支部だより

支部だより

構造生命科学―構造生物学を超えて―

2013 年 53 巻 6 号 p. 334-335
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.334

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若手の会だより

若手の会だより

～「No Border」な夏の学校までの道のり～

2013 年 53 巻 6 号 p. 336-337
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.336

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海外だより

海外だより

～ベイエリアでの細胞運動研究～

2013 年 53 巻 6 号 p. 338-339
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.338

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用語解説

用語解説1

2013 年 53 巻 6 号 p. 304
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.304

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用語解説2

2013 年 53 巻 6 号 p. 328
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.328

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書評

書評1

2013 年 53 巻 6 号 p. 300
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.300

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書評2

2013 年 53 巻 6 号 p. 333
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.333

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書評3

2013 年 53 巻 6 号 p. 340
発行日: 2013年
公開日: 2013/11/25

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.53.340

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