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巻号一覧
26 巻 (2024)
2 号 p. 149-
1 号 p. 1-
25 巻 (2023)
4 号 p. 270-
3 号 p. 187-
2 号 p. 111-
1 号 p. 1-
24 巻 (2022)
4 号 p. 191-
3 号 p. 139-
2 号 p. 91-
1 号 p. 1-
23 巻 (2021)
4 号 p. 223-
3 号 p. 155-
2 号 p. 77-
1 号 p. 1-
22 巻 (2020)
4 号 p. 288-
3 号 p. 203-
2 号 p. 109-
1 号 p. 1-
21 巻 (2019)
4 号 p. 251-
3 号 p. 176-
2 号 p. 89-
1 号 p. 1-
20 巻 (2018)
4 号 p. 222-
3 号 p. 148-
2 号 p. 77-
1 号 p. 1-
19 巻 (2017)
4 号 p. 223-
3 号 p. 146-
2 号 p. 74-
1 号 p. 2-
18 巻 (2016)
4 号 p. 211-
3 号 p. 136-
2 号 p. 67-
1 号 p. 1-
17 巻 (2015)
4 号 p. 202-
3 号 p. 136-
2 号 p. 71-
1 号 p. 1-
16 巻 (2014)
4 号 p. 227-
3 号 p. 140-
2 号 p. 77-
1 号 p. 1-
15 巻 (2013)
4 号 p. 225-
3 号 p. 145-
2 号 p. 79-
1 号 p. 1-
14 巻 (2012)
4 号 p. 178-
3 号 p. 118-
2 号 p. 71-
1 号 p. 1-
13 巻 (2011)
4 号 p. 157-
3 号 p. 98-
2 号 p. 45-
1 号 p. 1-
12 巻 (2010)
4 号 p. 4_12-
3 号 p. 3_13-
2 号 p. 2_11-
1 号 p. 1_1-
11 巻 (2009)
4 号 p. 4_10-
3 号 p. 3_13-
2 号 p. 2_14-
1 号 p. 1_1-
10 巻 (2008)
44 号 p. 6-
43 号 p. 2-
42 号 p. 2-
41 号 p. 3-
9 巻 (2007)
40 号 p. 8-
39 号 p. 1-
38 号 p. 2-
37 号 p. 3-
8 巻 (2006)
36 号 p. 8-
35 号 p. 2-
34 号 p. 2-
33 号 p. 4-
7 巻 (2005)
32 号 p. 6-
31 号 p. 2-
30 号 p. 3-
29 号 p. 2-
6 巻 (2004)
28 号 p. 6-
27 号 p. 5-
26 号 p. 3-
25 号 p. 1-
5 巻 (2003)
24 号 p. 9-
23 号 p. 4-
22 号 p. 3-
21 号 p. 3-
4 巻 (2002)
20 号 p. 8-
19 号 p. 2-
18 号 p. 1-
17 号 p. 1-
3 巻 (2001)
16 号 p. 7-
15 号 p. 3-
14 号 p. 4-
13 号 p. 3-
2 巻 (2000)
10 号 p. 7-
9 号 p. 3-
1 巻 (1999)
8 号 p. 9-
6 号 p. 4-
5 号 p. 1-
15 巻, 3 号
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特集「氷の分子シミュレーション」
特集「氷の分子シミュレーション」
石山 達也
2013 年 15 巻 3 号 p. 145
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.145
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(123K)
氷の構造の乱れとダイナミックス
松本 正和
2013 年 15 巻 3 号 p. 146-156
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.146
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氷の構造には様々な種類の乱れがあらわれる.いろいろな分子スケールの乱れが,どのような集団運動を生み,巨視的な相転移現象にどのように結びつくか,そしてそれらを分子シミュレーションでどのように捉えれば良いかを検討した.
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(4729K)
高圧力下における氷の結晶成長シミュレーション
灘 浩樹
2013 年 15 巻 3 号 p. 157-161
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.157
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氷の結晶成長は,地球環境,生命,産業に関係した様々なトピックスと絡んで学問的にも実用的にも極めて重要な研究対象である.しかしながら,実験的取り扱いの難しい氷結晶の成長機構は思いのほかよくわかっていない.このため,計算機シミュレーション研究の活躍が期待されている.本誌では,これまでに行われた氷の結晶成長シミュレーション研究の中で,最近行われた高圧力下での氷結晶形態形成に関する分子動力学シミュレーション研究を代表して紹介する.
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(4943K)
H
2
Oの原子間相互作用モデルと氷を含む系の古典MD計算
河村 雄行
2013 年 15 巻 3 号 p. 162-167
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.162
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古典分子シミュレーションのための原子間相互作用モデルを開発してきた.水や氷Ihの構造物性を少なくとも半定量的に再現しているモデルである.それを用いて,氷多形や氷を含む系に関する種々の計算を行っている.有効な分子モデルがあれば,半定量的以上の分子シミュレーション計算が可能であり,さらにナノミクロ-マクロ解析に必要なナノないしメゾスケールの物性の定量的な計算が可能であることを示した.氷水共存系の局所構造物性などである.より精密で適用範囲のひろい相互作用モデルを開発することが重要である.
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(2702K)
氷天体深部の氷は塩っぱいか?
飯高 敏晃
2013 年 15 巻 3 号 p. 168-171
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.168
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海水(NaCl水溶液)を室温下で圧縮すると塩を含んだ氷高圧相に転移する.この塩入り氷は氷天体深部に存在する氷のモデル物質と考えることができる.最近の高圧X線回折実験によって,塩入り氷VII相は純粋な氷VII相に比べて体積が収縮することが発見された.このことは,氷天体の内部構造を決定する物質の状態方程式が変更される可能性を示唆する.そこで本稿では密度汎関数電子状態計算に基づいて氷VII相に塩が取りこまれる機構と塩入り氷VII相の構造について詳しく考察する.
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(583K)
不凍タンパク質とイオンが水と氷に与える影響に関する古典分子動力学解析
萩原 良道
2013 年 15 巻 3 号 p. 172-178
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.172
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水・氷界面近傍における不凍タンパク質とイオンが水分子に与える影響に関する分子動力学解析の方法と結果を示す.また,関連する研究を紹介し,いくつかの方法や結果に関する有効性や疑問点を議論する.最後に今後の展望について概説する.
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(1208K)
氷表面から発生する振動スペクトル応答の起源:分子動力学シミュレーションとQM/MM 計算から得られる知見
石山 達也
2013 年 15 巻 3 号 p. 179-185
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.179
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水と比べて氷表面では水素結合領域に非常に強い振動スペクトルピークがあらわれる.この特徴的なピークは,強度の差はあるが水表面,あるいは固/水界面においてもみられ,しばしば“ice-like peak”ともよばれている.今回,古典分子動力学シミュレーションとQM/MM 計算をカップルさせることにより,氷特有の強い振動スペクトルピークを再現することに成功した.また,水表面の“ice-like peak”について,最近の実験とシミュレーション研究から明らかになったことを報告する.
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(893K)
最近の研究から
高密剛体球系における遅い緩和の起源:トランジェントな結晶化と高次秩序変数-2つの新しい方法論-
礒部 雅晴
2013 年 15 巻 3 号 p. 186-196
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.186
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高密剛体球系の融点近傍で生じる「トランジェントな結晶」を定量化するため,広範な応用が可能な2つの新しい方法論を開発した.まず,(i)配向秩序を定量化する最近接結合秩序パラメーターを高次近接シェル(第2近接以上)へと拡張した.また,(ii)シアストレスのポテンシャルパートと関係のある配向因子の相関関数を高次近接シェル内の粒子を衝突候補とみなし時間で粗視化することにより,従来の粒子衝突ベースの計算に比べ,約2桁高速な計算を実現した.これらのブレークスルーにより,粘性係数と直接関係するシアストレス自己相関関数の遅い緩和,すなわち(30年来の難問である)いわゆる「モラセステール問題」の系統的な研究が可能となった.特に(ii)の方法では,従来は膨大な計算量により不可能とされた4体2時間配向因子自己相関関数(すなわち,8点相関)の計算も可能となり,その距離依存性の関数系を統計精度よく求めることに成功した.本研究は,高密液体で生成する「トランジェントな結晶」の時空構造解析のみならず,一般の液体-ガラス系やジャミング転移を定量づける有益な解析ツール(方法論)の一つとしての今後の応用や発展が期待される.
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(778K)
蛋白質の回転拡散およびNMRスペクトル密度の再現に与える水モデルの影響
竹村 和浩
2013 年 15 巻 3 号 p. 197-201
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.197
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蛋白質の回転拡散およびNMRスペクトル密度の再現を目的として水モデルの最適化を行った.水モデルは既存のSPC/E モデルを基に,結合長を1%長くすることにより,他の熱力学物性を大きく変更することなく並進拡散係数を再現した.最適化した水モデル(SPC/E
b
)を用いることにより,蛋白質の回転緩和時間の再現およびNMR緩和より得られるスペクトル密度再現に成功した.
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(747K)
博士論文紹介
Isotropic Periodic Sum法の精度評価と改良
高橋 和義
2013 年 15 巻 3 号 p. 202-206
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.202
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Isotropic Periodic Sum (IPS)法は,Ewald法に代わる周期境界条件下の相互作用計算手法として開発された.その基本概念は,周期的な反応場の決定である.本研究では,いくつかの系におけるIPS法の精度を評価し,その応用の可能性を示した.また,IPS法が抱える計算速度上の問題点を解決するために,IPS法と多重極展開法とを組み合わせたIPS/Tree法を開発した.さらに,計算精度上の問題点を解決するために,IPS法の基本概念の拡張を行い,Linear-combination-based IPS (LIPS)法を開発した.
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(2770K)
連載
電子状態理論の初歩Ⅵ
志賀 基之
2013 年 15 巻 3 号 p. 207-212
発行日: 2013/07/31
公開日: 2014/08/26
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.15.207
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近年の大型並列計算機の発展とともに分子シミュレーションと電子状態計算を統合した第一原理シミュレーションが普及し,国際標準になりつつある.これを用いて,従来では扱えなかった複雑な化学反応動力学や,光吸収や電磁場応答のような電子状態由来の物性などを対象に,さまざまな応用研究が広まっている.本稿では,電子状態理論の基礎をなすHartree-Fock 法について,分子シミュレーションとの接点を少し意識しながら再考したい.
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