生物物理

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Online ISSN : 1347-4219
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46 巻, supplement2 号

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1P557 Peptide bond formation induces the breakage of Shine-Dalgarno interaction on the ribosome(26. Single molecule biophysics,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Sotaro Uemura, Magdalena Dorywalska, Tae-Hee Lee, Harold Kim, Joseph P ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S286-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S286_1

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1P558 Real-time Imaging of DNA-Streptavidin Complex Formation in Solution using a High-Speed Atomic Force Microscope(26. Single molecule biophysics,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Mime Kobayashi, Koji Sumitomo, Keiichi Torimitsu

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S286-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S286_2

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1P559 Nano-indentation of Single Protein Using Atomic Force Microscopy(26. Single molecule biophysics,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hiroshi Sekiguchi, Yasuhiro Mori, Rehana Afrin, Atsushi Ikai

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S286-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S286_3

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1P560 Observing mechanical unfolding and folding process of single molecular protein by AFM(26. Single molecule biophysics,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Takaaki Ishii, Atsuto Katano, Yoshihiro Murayama, Masaki Sano

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S286-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S286_4

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1P561 Forced Unfolding of OspA by Atomic Force Microscopy(26. Single molecule biophysics,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Kazuki Shiga, Shohei Koide, Hiroshi Sekiguchi, Atsushi Ikai

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S287-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S287_1

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1P562 Force-Induced Human Lysozyme with Camelid VHH HL6 Antibody Fragment : Dissociation A Molecular Dynamics study(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Yeng-Tseng Wang, Heng-Chuan Kan

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S287-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S287_2

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1P563 Consistent dynamic phenomena in amyloidogenic forms of transthyretin : a molecular dynamics study(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Craig A. Gough, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S287-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S287_3

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1P564 All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Conformational Changes in Adenylate Kinase(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Sotaro Fuchigami, Mitsunori Ikeguchi, Akinori Kidera

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S287-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S287_4

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1P565 Molecular dynamics simulations of association and docking between an inhibitor and an enzyme.(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hiroh Miyagawa, Kunihiro Kitamura

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S288-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S288_1

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1P566 Molecular dynamics simulation of clustered DNA damage site with DNA repair enzyme MutM(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Mariko Higuchi, Miroslav Pinak

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S288-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S288_2

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1P567 Molecular dynamics study of dynamical structure stability of giant hemoglobin from Oligobrachia mashikoi(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Ayumu Sugiyama, Tetsunori Yamamoto, Hidemi Nagao, Keigo Nishikawa, Nob ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S288-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S288_3

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1P568 The theoretical study of sulfide-binding mechanism of the giant hemoglobin of Oligobrachia mashikoi(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tetsunori Yamamoto, Ayumu Sugiyama, Keigo Nishikawa, Hidemi Nagao, Kim ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S288-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S288_4

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1P569 Molecular dynamics study of solvent water behavior in giant hemoglobin of Oligobrachia mashikoi(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Keigo Nishikawa, Ayumu Sugiyama, Tetsunori Yamamoto, Hidemi Nagao, Nob ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S289-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S289_1

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1P570 Molecular dynamics simulations of lysozyme variants lacking some of the disulfide bridges : a comparison with NMR observations(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tomoki Mizuguchi, Okimasa Okada, Shin-ichi Segawa

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S289-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S289_2

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1P571 A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Rossen Apostolov, Yasushige Yonezawa, Haruki Nakamura

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S289-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S289_3

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1P572 Mechanism of Ion Permeation in Model Channel; Free Energy Surface and Dynamics of K^+ Ion Transport in Anion-doped Carbon Nanotube(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Takashi Sumikama, Shinji Saito, Iwao Ohmine

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S289-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S289_4

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1P573 Folding simulation of the B-domain of staphylococcal protein A(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Kenichiro Nishi, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S290-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S290_1

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1P574 Mathematical modeling reveals nonlinear mechanism in cytochrome-c induced apoptosis(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Ryosuke Ishiwata, Masaki Morioka, Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S290-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S290_2

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1P575 Potential structure changes of dynein stalk by molecular dynamics calculation(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Kazuki Fukae, Kazuo Sutoh, Takuo Yasunaga

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S290-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S290_3

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1P576 Molecular dynamics analysis of amino acid polypeptide model in water in a model of simulated a part of Antifreeze protein type I(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hiromi Taniguchi, Takashi Nobekawa, Yoshimichi Hagiwara

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S290-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S290_4

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1P577 Efficient calculation of electrostatic interaction in biomolecular simulation revisited(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Jiro Shimada, Takumi Washio, Hiroaki Fukunishi, Toshikazu Takada

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S291-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S291_1

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1P578 Coarse-graining approach of simulation of actin polymerization and elastic properties of filamentous actin(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tatsuya Yamada, Shigeki Mitaku

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S291-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S291_2

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1P579 Large-scale molecular dynamics simulations with the pairwise electrostatic interaction method for protein-solvent systems(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Gota Kikugawa, Yasushige Yonezawa, Haruki Nakamura, Ryutaro Himeno

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S291-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S291_3

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1P580 Dynamics of cavity in c-Myb R2 sub-domain studied by high-pressure MD simulation(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Junya Toyokawa, Sachiko Nakai, Kazuyuki Akasaka

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S291-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S291_4

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1P581 Improving efficiency of conformation sampling in multicanonical molecular dynamics simulation(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tohru Terada, Kentaro Shimizu

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S292-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S292_1

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1P582 Explicit and GB/SA solvents : each with two different force fields in multicanonical conformational sampling of 25-residue polypeptide(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Daisuke Mitomo, Yukihisa S Watanabe, Narutoshi Kamiya, Junichi Higo

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S292-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S292_2

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1P583 Efficient search of protein low-energy conformational space with a newly devised Wang-Landau molecular dynamics technique(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Takehiro Nagasima, Akira R. Kinjo, Takashi Mitsui, Ken Nishikawa

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S292-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S292_3

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1P584 Amyloid β-peptides studied by the multicanonical-multioverlap algorithm(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Satoru G. Itoh, Yuko Okamoto

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S292-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S292_4

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1P585 Explicit Symplectic Molecular Dynamics Simulation for Rigid-Body Molecules in the Canonical Ensemble(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Yuko Okamoto

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S293-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S293_1

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1P586 Protein conformational change derived from simulated coherent neutron scattering data(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Yasumasa Joti, Akio Kitao

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S293-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S293_2

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1P587 Folding free-energy landscapes of 10-residue proteins(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Daisuke Satoh, Kentaro Shimizu, Shugo Nakamura, Tohru Terada

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S293-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S293_3

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1P588 Conformational change of proteins described by extended Go-like models(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hiroo Kenzaki, Masaki Sasai

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S293-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S293_4

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1P589 Coupling between protein conformational change and ligand binding reaction studied by multiple-basin energy landscape model(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Kei-ichi Okazaki, Shoji Takada

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S294-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S294_1

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1P590 Investigation of The Structure-Function Relationship of Importin-β by Molecular Dynamics Simulations(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Yoshinori Hirano, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji, Naok ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S294-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S294_2

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1P591 A discrete wavelet time series analysis; the hierarchy of dynamics of biomolecules(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Sachiko Sato, Akinori Baba, Tamiki Komatsuzaki

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S294-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S294_3

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1P592 All atom molecular dynamics simulations of short peptides for De Novo protein structure prediction(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

George Chikenji

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S294-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S294_4

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1P593 A computer-assisted supersaturation control system for the preparation of large protein crystal(28. Macromolecular crystal growth,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Katsuyoshi Nakazato, Nobuhiro Sakurai, Mituteru Hoshina

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S295-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S295_1

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1P594 Layer Silicates, Novel Nucleation-inducing Materials for Protein Crystallization(28. Macromolecular crystal growth,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Masahide Takehara, Hiroyuki Oshikane, Osamu Nureki, Fujio Mizukami, Ke ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S295-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S295_2

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1P595 The protein rotational dynamics during the lysozyme prenucleation process(28. Macromolecular crystal growth,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Daisuke Takahashi, Toshiaki Koga, Etsuko Nishimoto, Shoji Yamashita

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S295-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S295_3

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2P001 Characterization of Circularly Permuted Chaperonin GroEL(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tatsuya Uemura, Takuma Hirayama, Kunihiro Kongo, Tomohiro Mizobata, Ya ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S296-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S296_1

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2P002 Plasticity with different strength of GroES amyloid fibril(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tomohiro Mizobata, Hisashi Yagi, Tatsunari Yoshimi, Isao Sakane, Kunih ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S296-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S296_2

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2P003 Intensive Raman Optical Activity of L-type Straight flagellar Filaments of Salmonella(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tomonori Uchiyama, Masashi Sonoyama, Yoshiaki Hamada, Fumio Hayashi, K ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S296-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S296_3

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2P004 Vibrational Spectroscopic Implication of the Role of R14 Residue in Human Hematopoietic Prostaglandin D_2 Synthase(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Yoshiko Uchida, Yoshihiro Urade, Takamitsu Kohzuma

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S296-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S296_4

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2P005 Fourier-transform infrared spectroscopic analysis of the calmodulin binding with peptides of protin 4.1R in physiological solution(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Wataru Nunomura, Daisuke Sasakura, Yuichi Takakuwa

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S297-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S297_1

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2P006 Secondary-Structure Analysis of Glycoprotein using Vacuum-Ultraviolet Circular Dichroism Spectroscopy(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Koichi Matsuo, Kunihiko Gekko

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S297-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S297_2

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2P007 Secondary-Structure Analysis of Denatured Proteins by Vacuum-Ultraviolet Circular Dichroism Spectroscopy(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Yoshie Sakurada, Koichi Matsuo, Shin-ichi Tate, Kunihiko Gekko

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S297-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S297_3

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2P008 Secondary-Structure Prediction of Proteins by Vacuum-UItraviolet Circular Dichroism Spectroscopy(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hidenori Watanabe, Koichi Matsuo, Shin-ichi Tate, Kunihiko Gekko

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S297-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S297_4

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2P009 Fluorescence spectroscopic studies on the structure-dynamics-function correlation of ribosome-inactivating proteins(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Yukihiro Fukunaga, Etsuko Nishimoto, Takuhiro Otosu, Katsumi Yamashita ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S298-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S298_1

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2P010 Fluorescence spectroscopic study on the CaM-target protein interaction-Interaction with melittin(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Takuhiro Otosu, Etsuko Nishimoto, Yukihiro Fukunaga, Yoshifumi Miyazak ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S298-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S298_2

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2P011 Unraveling excited state properties of BLUF domain of AppA by photothermal methods(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Partha Hazra, Keiichi Inoue, Wouter Laan, Klaas J Hellingwerf, Masahid ...

原稿種別: 本文
2006 年46 巻supplement2 号 p. S298-
発行日: 2006/10/01
公開日: 2017/05/01

DOIhttps://doi.org/10.2142/biophys.46.S298_3

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