我々は,細胞レベルの解像度を持ち,脳深部に刺入することのできるファイバー束型顕微内視鏡システムを開発した.本システムは,入手が容易な光学パーツを組み合わせてつくり上げることで,比較的安価に構築する事ができる.また内視鏡の加工も研究室内で全て行うことで,実験におうじて自由度高く迅速な対応が可能であるため,脳科学,再生医学などin vivo imagingが有効と思われる様々な分野において強力な研究ツールになると考えられる.本稿では,我々が同システムを作る過程で検討した他の光学構成との比較や自由行動下での記録法について述べた.